Obavljajući svoje primarne aktivnosti definisane u sklopu Direkcije za evropske integracije, a nakon uspješnog otpočinjanja poslova vezanih za izradu Studije izvodljivosti, Vijeće ministara Bosne i Hercegovine je na inicijativu Direkcije usvojilo Odluku o procedurama u postupku usklađivanja zakonodavstva Bosne i Hercegovine sa acquis communautaire («Službeni glasnik BIH» broj 44/03). Stupanje na snagu ove Odluke predstavljalo je značajan iskorak u procesu harmonizacije zakonodavstva u smislu njenog institucionaliziranja – potpisivanjem Sporazuma o stabilizaciji i pridruživanju između Bosne i Hercegovine i Evropskih zajednica ovaj proces postaće obaveza za Bosnu i Hercegovinu. Sastavni dio Odluke čine dva instrumenta za harmonizaciju zakonodavstva – Uporedni prikaz i Izjava o usklađenosti, koji će se u godinama koje slijede pokazati, uprkos poteškoćama, kao instrumenti koji su dali značajne efekte.
Odluka o formiranju radnih grupa za usklađivanje pravnih propisa Bosne i Hercegovine sa acquis communautaire
Krajem 2004. godine Sektor je otpočeo aktivnosti na izradi Odluke. Cilj donošenja Odluke od strane Vijeća ministara bio je angažovanje stručnjaka iz institucija Bosne i Hercegovine, entiteta i Brčko Distrikta BiH, kao i nezavisnih eksperata i nevladinih organizacija na izradi propisa koji bi se od samog početka usklađivali sa odredbama acquis communautaire-a. U tom smislu, tekst Odluke predstavljen je na svim seminarima koje je Sektor organizovao, tako da su učesnici mogli dati svoje sugestije, nakon čega je tekst Odluke definisan i upućen na razmatranje Vijeću ministara, koje je Oduku o formiranju radnih grupa za usklađivanje pravnih propisa Bosne i Hercegovine sa acquis communautaire donijelo 6. aprila 2005, a objavljena je u „Službenom glasniku BIH“ broj 52/05. Sektor je također izradio i Poslovnik o radu radnih grupa, koji je bio prezentiran tokom više seminara.