Odsjek za metodologiju i terminologiju odgovoran je za definiranje sveobuhvatne metodologije prevođenja i smjernica za razvoj terminologije. Odsjek je zadužen za pripremu Strategije izrade nacionalne verzije acquisa u BiH, metodoloških priručnika, priručnika za prevođenje i stručnih rječnika po područjima acquisa. Odsjek prati relevantna iskustva i najbolja iskustva iz prakse uspješnih država, zadužen je za istraživanje, razvoj i usklađivanje stručne terminologije; izrađuje godišnje i mjesečne planove rada, izvještaje o radu, te sarađuje sa relevantnim institucijama u BiH i Evropskoj uniji.